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BioAI/proj_diabetes at main · SuA0409/BioAI
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1. T1D vs T2D 간 Beta-cell 유전자 발현 차이 탐색
2. T2D 내 다양한 치료 그룹 간 Beta-cell 반응 gene expression 프로그램 차이 분석
3. Treatment condition에 따른 beta-cell 내부 잠재 substructure 탐색
| 분석 주제 | 사용 tool | 적용 방법 | github 위치 |
|---|---|---|---|
| 1. T1D vs T2D 간 Beta-cell 유전자 발현 차이 탐색 | Scanpy + DEG 분석 | condition 컬럼(CXG-DATA_diabetes_model)을 통해 T1D/NOD vs T2D/db로 구분하여, Beta-cell 내 DEG 비교. |
^t1_vs_td |
| 2. T2D 내 다양한 치료 그룹 간 Beta-cell 반응 gene expression 프로그램 차이 분석 | cNMF | 세포군은 Beta-cell로 고정하고, T2D 내 다양한 treatment 그룹 존재하기 때문에 treatment condition별 gene expression program 비교. | ^cNMF_t2d_treatment |
| 3. Treatment condition에 따른 beta-cell 내부 잠재 substructure 탐색 | scICE | T2D beta cell 치료군(GLP-1, estrogen, insulin 등) 내부에 존재할 다양한 잠재 substructure 존재 여부 확인 및 치료 간 shared vs unique substructure 비교 | ^scICE_beta_treatment |