⛔ Внимание! Раздел содержит сюжетные спойлеры, предназначен для разработчиков, а не игроков!
В попытках остановить вторжение пришельцев инициатива X-Com потерпела неудачу, в ряды правительств большинства крупных держав проникли агенты пришельцев и в течение нескольких месяцев в них устанавливается марионеточный режим. Не удалось установить истинных мотивов пришельцев, их враждебные помыслы умело скрываются от общественности. Более того, не удалось продвинуться в изучении пришельцев, нет даже образцов – все прямые столкновения с ними заканчивались гибелью оперативников.
Игра начинается с атаки последней базы X-Com агентами пришельцев. Даже если удастся её отбить – ситуация критическая: нет поддержки Совета Финансирующих Наций, лояльные X-Com члены Совета разбросаны по миру и скрываются. Агентство лишилось большинства активов, осталась только база (которая из-за недостатка финансирования в последние месяцы прибывает в плачевном состоянии), большинство личного состава уволено, остались лишь самые преданные делу борьбы с инопланетным вторжением. Игроку нужно будет научиться выживать в новых условиях, вести подпольную борьбу с силами пришельцев и сотрудничать с глобальными организациями, вовлечёнными в конфликт.
Дерево развития сюжета на доске Miro -