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《百年孤獨》的敘事結構不同一般，馬爾克斯採用了連環、環環相套、循環往復的敘事結構來展現小鎮馬孔多的歷史。這種環環相套的結構，恰如其分地表現了小說的一個主題：人的孤獨、封閉，以及由孤獨封閉而造成的落後、消亡。作者對「孤獨」這一具有民族特性的問題作了深刻的揭示。小鎮的創始人何·阿·布恩蒂亞最初為了逃避家族的責備逃離家鄉，他率領２０來戶人家走到海邊，無路可走，於是在那裡居住下來，把那個地方取名「馬孔多」。布恩蒂亞為全村人合理地設計村鎮的佈局，帶領大家共同建設馬孔多。後來，隨著吉普賽人、阿拉伯人、歐洲各地的人以及美國人不斷湧進這個世外桃源，各種各樣的「新奇」東西也隨之進入這個新開發的小鎮。布恩蒂亞為那些新奇的東西而興奮著迷，他不斷地接受新事物。竟然在不斷地「發明」和「探索」中變得神魂顛倒，最後發瘋，被家人捆在大樹下，成了個活死人。他的二兒子奧雷良諾曾身經百戰，可到頭來他和戰友們的流血奮鬥絲毫沒有意義。鬧了半天，一切依舊，暴君走了一個又來一個。政府公然背信棄義，而他的黨內的一些人為了個人利益對前政敵唯唯諾諾。奧雷良諾上校絕望地把自己關在作坊裡製作小金魚，再也不關心國內局勢，最終無聲無息地死去。他的妹妹阿瑪蘭塔，因為妒忌雷貝卡——她母親的養女，先是與雷貝卡明爭暗奪意大利商人皮埃特羅的愛情，之後在他向阿瑪主塔求婚時，她又斷然拒絕了他。皮埃特羅不堪連續打擊，憤而自盡。不久阿瑪蘭塔又成了格林列爾的未婚妻，可是，在他準備同她結婚時，她又堅決地拒絕了他。她整天織她的裹屍布，日織夜拆，打發日子。雷貝卡和布恩蒂亞的大兒子結婚後，他們的生活方式被村人憎恨。在她丈夫被人殺死後，雷貝卡把自己倒鎖在屋內，完全與世隔絕地度過了後半生。布恩蒂亞家族一代一代，「他們儘管相貌各異，膚色不同，脾性、個子各有差異，但從他們的眼神中，一眼便可辨認出那種這一家族特有的、絕對不會弄錯的孤獨眼神。」作者花了大量的筆墨，描寫那些由於愚昧、落後、保守以及情慾所造成的孤獨，表現了一種因為不能掌握自身命運而產生的絕望、冷漠和疏遠感。這種孤獨的民族性成為阻礙民族或國家進步的一大障礙。

十六世紀，海盜弗蘭西斯-德拉克圍攻列奧阿察的時候，烏蘇娜。伊古阿蘭的曾祖母被噹噹的警鐘聲和隆隆的炮擊聲嚇壞了，由於神經緊張，竟一屁股坐在生了火的爐子上。因此，曾祖母受了嚴重的的傷，再也無法過夫妻生活。她只能用半個屁股坐著，而且只能坐在軟墊子上，步態顯然也是不雅觀的；所以，她就不願在旁人面前走路了。她認為自己身上有一股焦糊味兒，也就拒絕跟任何人交往。她經常在院子裡過夜，一直呆到天亮，不敢走進臥室去睡覺：因為她老是夢見英國人帶著惡狗爬進窗子，用燒紅的鐵器無恥地刑訊她。她給丈夫生了兩個兒子；她的丈夫是亞拉岡的商人，把自己的一半錢財都用來醫治妻子，希望盡量減輕她的痛苦。最後，他盤掉自己的店舖，帶者一家人遠遠地離開海濱，到了印第安人的一個村莊，村莊是在山腳下，他在那兒為妻子蓋了一座沒有窗子的住房，免得她夢中的海盜鑽進屋子。

在這荒僻的村子裡，早就有個西班牙人的後裔，叫做霍塞-阿卡蒂奧-布恩蒂亞，他是栽種煙草的；烏蘇娜的曾祖父和他一起經營這樁有利可圖的事業，短時期內兩人都建立了很好的家業。多少年過去了，西班牙後裔的曾孫兒和亞拉岡人的曾孫女結了婚。每當丈夫的荒唐行為使烏蘇娜生氣的時候，她就一下子跳過世事紛繁的三百年，咒罵弗蘭西斯-德拉克圍攻列奧阿察的那個日子。不過，她這麼做，只是為了減輕心中的痛苦；實際上，把她跟他終生連接在一起的，是比愛情更牢固的關係：共同的良心譴責。烏蘇娜和丈夫是表兄妹，他倆是在古老的村子裡一塊兒長大的，由於沮祖輩輩的墾殖，這個村莊已經成了今省最好的一個。儘管他倆之間的婚姻是他倆剛剛出世就能預見到的，然而兩個年輕人表示結婚願望的時候，雙方的家長都反對。幾百年來，兩族的人是雜配的，他們生怕這兩個健全的後代可能丟臉地生出一隻蜥蜴。這樣可怕的事已經發生過一次。烏蘇娜的嬸嬸嫁給霍-阿-布恩蒂亞的叔叔，生下了一個兒子：這個兒子一輩子部穿著肥大的燈籠褲，活到四十二歲還沒結婚就流血而死，因為他生下來就長著一條尾巴——尖端有一撮毛的螺旋形軟骨。這種名副其實的豬尾巴是他不願讓任何一個女人看見的，最終要了他的命，因為一個熟識的屠夫按照他的要求，用切肉刀把它割掉了。十九歲的霍-阿-布恩蒂亞無憂無慮地用一句話結束了爭論：「我可不在乎生出豬崽子，只要它們會說話就行。」於是他倆在花炮聲中舉行了婚禮銅管樂隊，一連鬧騰了三個晝夜。在這以後，年輕夫婦本來可以幸福地生活，可是烏蘇娜的母親卻對未來的後代作出不大吉利的預言，藉以嚇唬自己的女兒，甚至慫恿女兒拒絕按照章法跟他結合。她知道丈夫是個力大、剛強的人，擔心他在她睡著時強迫她，所以，她在上床之前，都穿上母親拿厚帆布給她縫成的一條襯褲；襯褲是用交叉的皮帶繫住的，前面用一個大鐵扣扣緊。夫婦倆就這樣過了若干月。白天，他照料自己的鬥雞，她就和母親一塊兒在刺染上繡花。夜晚，年輕夫婦卻陷入了煩惱而激烈的鬥爭，這種鬥爭逐漸代替了愛情的安慰。可是，機靈的鄰人立即覺得情況不妙，而且村中傳說，烏蘇娜出嫁一年以後依然是個處女，因為丈大有點兒毛病。霍-阿-布恩蒂亞是最後聽到這個謠言的。

「烏蘇娜，你聽人家在說什麼啦，」他向妻子平靜他說。

「讓他們去嚼舌頭吧，」她回答。「咱們知道那不是真的。」

他們的生活又這樣過了半年，直到那個倒霉的星期天，霍-阿-布恩蒂亞的公雞戰勝了普魯登希奧-阿吉廖爾的公雞。輸了的普魯登希奧-阿吉廖爾，一見雞血就氣得發瘋，故意離開霍-阿-布恩蒂亞遠一點兒，想讓鬥雞棚裡的人都能聽到他的話。

「恭喜你呀！」他叫道。「也許你的這只公雞能夠幫你老婆的忙。咱們瞧吧！」

霍-阿-布恩蒂亞不動聲色地從地上拎起自己的公雞。「我馬上就來，」他對大家說，然後轉向普魯登希奧，阿吉廖爾：

「你回去拿武器吧，我準備殺死你。」

過了十分鐘，他就拿著一枝粗大的標槍回來了，這標槍還是他祖父的。鬥雞棚門口擁聚了幾乎半個村子的人，普魯登希奧-阿吉廖爾正在那兒等候。他還來不及自衛，霍-阿-布恩蒂亞的標槍就擊中了他的咽喉，標槍是猛力擲出的，非常準確；由於這種無可指摘的準確，霍塞-奧雷連諾-布恩蒂亞（註：布恩蒂亞的祖父）從前曾消滅了全區所有的豹子。夜晚在鬥雞棚裡，親友們守在死者棺材旁邊的時候，霍-阿-布恩蒂業走進自己的臥室，看見妻子正在穿她的「貞節褲」。他拿標槍對準她，命令道：「脫掉！」烏蘇娜並不懷疑丈夫的決心。「出了事，你負責，」她警告說。霍-阿-布恩蒂亞把標槍插入泥地。

「你生下蜥蜴，咱們就撫養蜥蜴，」他說。「可是村裡再也不會有人由於你的過錯而被殺死了。」

這是一個美妙的六月的夜晚，月光皎潔，涼爽宜人。他倆通古未睡，在床上折騰，根本沒去理會穿過臥室的輕風，風兒帶來了普魯登希奧-阿吉廖爾親人的哭聲。

人們把這樁事情說成是光榮的決鬥，可是兩夫婦卻感到了良心的譴責。有一天夜裡，烏蘇娜還沒睡覺，出去喝水，在院子裡的大土罐旁邊看見了普魯登希奧-阿吉廖爾。他臉色死白、十分悲傷，試圖用一塊麻屑堵住喉部正在流血的傷口。看見死人，烏蘇娜感到的不是恐懼，而是憐憫。她回到臥室裡，把這件怪事告訴了丈夫，可是丈夫並不重視她的話。「死人是不會走出墳墓的，」他說。「這不過是咱們受到良心的責備。」過了兩夜，烏蘇娜在浴室裡遇見普魯登希奧-阿吉廖爾——他正在用麻屑擦洗脖子上的凝血。另一個夜晚，她發現他在雨下徘徊。霍-阿-布恩蒂亞討厭妻子的幻象，就帶著標槍到院子裡去。死人照舊悲傷地立在那兒。

「滾開！」霍-阿-布恩蒂亞向他吆喝。「你回來多少次，我就要打死你多少次。」

普魯登希奧沒有離開，而霍-阿-布恩蒂亞卻不敢拿標槍向他擲去。從那時起，他就無法安穩地睡覺了。他老是痛苦地想起死人穿過雨絲望著他的無限淒涼的眼神，想起死人眼裡流露的對活人的深切懷念，想起普魯登希奧-阿吉廖爾四處張望。尋找水來浸濕一塊麻屑的不安神情。「大概，他很痛苦，」霍-阿-布恩蒂亞向妻子說。「看來，他很孤獨。」烏蘇娜那麼憐憫死人，下一次遇見時，她發現他盯著爐灶上的鐵鍋，以為他在尋找什麼，於是就在整個房子裡到處都給他擺了一罐罐水。那一夜，霍-阿-布恩蒂亞看見死人在他自己的臥室裡洗傷口，於是就屈服了。

「好吧，普魯登希奧，」他說。「我們盡量離開這個村子遠一些，決不再回這兒來了。現在，你就安心走吧。」

就這樣，他們打算翻過山嶺到海邊去。霍-阿-布恩蒂亞的幾個朋友，像他一樣年輕，也想去冒險，離開自己的家，帶著妻室兒女去尋找土地……渺茫的土地。在離開村子之前，霍．阿-布恩蒂亞把標槍埋在院子裡，接二連三砍掉了自己所有鬥雞的腦袋，希望以這樣的犧牲給普魯登希奧-阿吉廖爾一些安慰。烏蘇娜帶走的只是一口放著嫁妝的箱子、一點兒家庭用具、以及藏放父親遺產——金幣——的一隻盒子。誰也沒有預先想好一定的路線。他們決定朝著與列奧阿察相反的方向前進，以免遇見任何熟人，從而無影無蹤地消失。這是一次荒唐可笑的旅行。過了一年零兩個月，烏蘇娜雖然用猴內和蛇湯毀壞了自己的肚子，卻終於生下了一個兒子，嬰兒身體各部完全沒有牲畜的徵狀。因她腳腫，腳上的靜脈脹得像囊似的，整整一半的路程，她都不得不躺在兩個男人抬著的擔架上面。孩子們比父母更容易忍受艱難困苦，他們大部分時間都鮮蹦活跳，儘管樣兒可憐——兩眼深陷，肚子癟癟的。有一天早晨，在幾乎兩年的流浪以後，他們成了第一批看見山嶺西坡的人。從雲霧遮蔽的山嶺上，他們望見了一片河流縱橫的遼闊地帶——直伸到天邊的巨大沼澤。可是他們始終沒有到達海邊。在沼澤地裡流浪了幾個月，路上沒有遇見一個人，有一天夜晚，他們就在一條多石的河岸上紮營，這裡的河水很像凝固的液體玻璃。多年以後，在第二次國內戰爭時期，奧雷連諾打算循著這條路線突然佔領列奧阿察，可是六天以後他才明白，他的打算純粹是發瘋。然而那夭晚上，在河邊紮營以後，他父親的旅伴們雖然很像遇到船舶失事的人，但是旅途上他們的人數增多了，大夥兒都準備活到老（這一點他們做到了）。夜裡，霍-阿-布恩蒂亞做了個夢，營地上彷彿矗立起一座熱鬧的城市，房屋的牆壁都用晶瑩奪目的透明材料砌成。他打聽這是什麼城市，聽到的回答是一個陌生的、毫無意義的名字，可是這個名字在夢裡卻異常響亮動聽：馬孔多。翌日，他就告訴自己的人，他們絕對找不到海了。他叫大夥兒砍倒樹木，在河邊最涼爽的地方開闢一塊空地，在空地上建起了一座村莊。

在看見冰塊之前，霍-阿-布恩蒂亞始終猜不破自己夢見的玻璃房子。後來，他以為自己理解了這個夢境的深刻意義。他認為，不久的將來，他們就能用水這樣的普通材料大規模地製作冰磚，來給全村建築新的房子。當時，馬孔多好像一個赤熱的火爐，門閂和窗子的鉸鏈都熱得變了形；用冰磚修蓋房子，馬孔多就會變成一座永遠涼爽的市鎮了。如果霍-阿-布恩蒂亞沒有堅持建立冰廠的打算，只是因為他當時全神貫注地教育兩個兒子，特別是奧雷連諾，這孩子一開始就對煉金術表現了罕見的才能。試驗室裡的工作又緊張起來。現在，父子倆已經沒有被新奇事物引起的那種激動心情，只是平平靜靜地反覆閱讀梅爾加德斯的筆記，持久而耐心地努力，試圖從粘在鍋底的一大塊東西裡面把烏蘇娜的金子分離出來。大兒子霍-阿卡蒂奧幾乎不參加這個工作。當父親身心都沉湎於熔鐵爐旁的工作時，這個身材過早超過年歲的任性的頭生子，已經成了一個魁梧的青年。他的嗓音變粗了-臉頰和下巴都長出了茸毛。有一天晚上，他正在臥室裡脫衣睡覺，烏蘇娜走了進來，竟然產生了羞澀和憐恤的混合感覺，因為除了丈夫，她看見赤身露體的第一個男人就是兒子，而且兒子生理上顯得反常，甚至使她嚇了一跳。已經懷著第三個孩子的烏蘇娜，重新感到了以前作新娘時的那種恐懼。