W obecnym stanie prawnym, niezbędbym etapem w skorzystaniu z ulgi IP BOX jest uzyskanie przez podatnika pozytywnej indywidualnej interpretacji podatkowej (pkt. 75 objaśnień do ulgi IP BOX). W konsekwnecji, wielu programistów chcących skorzystać z tej ulgi występuje z wnioskami o wydanie takiej interpretacji. Postępowanie podatkowe dla uzyskania korzystanego rozstrzygnięcia nie jest jednak ani proste, ani krótkie (obecnie czas rozpoznania to około 4 miesięcy). I jak się okazuje, w praktyce wcale niekoniecznie kończy się pozytywną odpowiedzią urzędu skarbowego.
Zgodnie z ordynacja podatkową KIS może odpowiedzieć na wniosek podatnika odpowiedzieć na cztery sposoby:
O ile trzy pierwsze scenariusze są dość oczywiste, o tyle czwarte rozstrzygnięcie jest nieco mniej oczywste.
W obecnej praktyce w każdym postępowaniu o wydanie interpretacji organ podatkowy zwraca się do podatnika z wniosekiem o jego uzupełnienie, poprzez odpowiedź na szereg pytań z zakresu stanu faktycznego i opisu zdarzenia. Pytań bywa od kilkunastu do kilkudziesieciu i bywają bardziej lub mniej kreatywne.
Organy podatkowe arguemntują, iż opis stanu faktycznego oraz zdarzenia przyszłego we wniosku nie jest wyczerpujący. W konsekwencji organ podatkowy twierdzi, że nie nie może dokonywać ustaleń lub uzupełnień stanu faktycznego, którego interpretacja ma dotyczyć.
Jeżeli podatnik nie udzieli odpowiedzi na wezwanie do uzupełnienia braków, lub uzupełnienie będzie niepełne organ pozostawia wniosek bez rozpoznania.
Przykłady najczęstszych scenariuszy kiedy ma to miejsce:
Informacja o tym, który z powyższych (lub inny) scenariusz ma miejsce w konkretnym przypadku znajduje się w treści postanowienia o pozostawieniu wniosku bez rozpoznania.
Oznacza to, że organ podatkowy nie wydał rozstrzygnięcia korzystnego ani negatywnego dla podatnika. W ogóle nie rozpoznał sprawy. Nie zajął on w ogóle stanowiska i nie ocenił udzielonych odpowiedzi.