일반적으로 톰캣을 사용하려면 설치된 폴더의 webapps폴더에 톰캣 웹서버에 싣고 싶은 파일을 올려서 (해당 디렉토리가 디폴트 CATALINA_HOME 디렉토리), 톰캣 설치 폴더 하위의 conf/ 폴더 내부의 설정 파일들을 읽어서 서버를 띄우는 형식으로 구현되었다. 이 때 Tomcat이 실행되는 namespace?의 폴더 구조는 다음과 같다:

graph TD
	CATALINA_BASE --> webapps
  CATALINA_BASE --> conf
	CATALINA_BASE --> logs
	CATALINA_BASE --> temp
	CATALINA_BASE --> work
	webapps --> WEB-INF
	webapps --> META-INF
	webapps --> resources
	webapps --> upload

Tomcat이 띄워지면 하나의 Service가 띄워진 것이며, 이 Service에 여러 프로젝트가 Context 단위로 올라갈 수 있다. 일반적으로 하나의 Context에는 하나의 프로젝트만 올라갈 수 있고, 각 Context 끼리는 Context Path로 구분된다. (Context 설정에 대한 정보 : Context ) Localhost에서 Tomcat에게 포트 8080번이 할당된다고 했을 때, 먼저 server.xml 설정 파일을 읽은 후 그에 맞는 Service 컨테이너를 띄운 후, conf/Catalina경로에 있는 ROOT.xml 등의 Context 정보가 정의되어 있는 xml 파일을 기반으로 Context를 띄운다. 이 때 Context는 Tomcat에서 정의한 Web Application의 단위라고 생각하면 되는데, 예를 들어 Context Path가 /foo인 Context와 Context Path가 bar인 Context가 정의되어 있다고 할 때, 각 Web Application에 접근하기 위해서는 각각 localhost:8080/foo와 localhost:8080/bar경로를 통해 접근하면 된다.