Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ демонстрируют, что коронавирус, вызывающий COVID-19, принадлежит к тому же подроду бета-коронавирусов, что и вирус тяжелого острого респираторного синдрома (ТОРС, или SARS) (как и несколько других коронавирусов летучих мышей), но к другому клайду. Показано, что вирус, вызывающий COVID-19, для входа в клетку связывается с тем же самым рецепторов, что и вирус SARS, - ангиотензин-превращающим ферментом 2 (АПФ2, ACE2) (Zhou P. et al., 2020). Группа по изучению коронавирусов Международного комитета по таксономии вирусов предложила назвать новый возбудитель коронавирусом тяжелого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2) (Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses).

При филогенетическом анализе 103 штаммов SARS-CoV-2 из Китая, идентифицированы два различных типа SARS-CoV-2, отнесенные к типу L (составляет до 70% штаммов) и типу S (до 30%) (Tang X., 2020). Тип L доминировал в первые дни эпидемии в Китае, но составляет меньшую долю штаммов за пределами Уханя по сравнению с Уханем. Клиническое значение данной особенности остается неясным.