式がややこしい感じになってしまった
CREATED_AT=`gh run view ${{ github.run_id }} --json createdAt --jq ".createdAt"`
EXECUTE_TIME=`date -d@\\`expr \\( $(date +%s) - $(date -d $CREATED_AT +%s) \\)\\` -u +"%H:%M:%S"`
echo "::set-output name=execute_time::${EXECUTE_TIME}"
createdAtと現在時刻を引いて出たmillisecondsを"%H:%M:%S"のフォーマットで出力
Macだとdateコマンドの挙動が異なるのでdockerからshellを実行して確認した