Para la creación de la trama de Nelumbo se usaron dos modelos diferentes de storytelling: la estructura en tres actos y el círculo de la historia de Dan Harmon.
Utilizada para construir de forma más global los niveles y su peso en la trama.
A La Flor central del bosque comienzan a caérsele los pétalos, señal de que va a morirse. Esto descontrola todo el ecosistema, por lo que Nelumbo, futuro y novato heredero, comienza su torpe camino a reemplazar a La Flor antes de que todo el bosque cambie para siempre.
Nelumbo parte con todo lo necesario hacia terreno desconocido, pero acaba envuelto en una tormenta. Esta lo separa de sus talismanes y su hoja de nenúfar, herramientas indispensables para que un ser inexperto como él, avance por el bosque.
Se encuentra en un territorio que desconoce y busca su hoja avanzando hacia delante. Avanzando hacia delante, se encuentra a una criatura que desconoce (una múrgala) jugando con su hoja. La criatura huye al verle y Nelumbo la recupera. Pronto se da cuenta de que ya no tiene las cosas que guardaba en ella. Se pone en marcha a buscarlas y encuentra la primera de ellas, el mapa. Ahora sabe por donde moverse, por lo que se dirige hacia el gran árbol.
Al entrar en él, a La Flor se le vuelven a caer pétalos.
Llega a un pueblo, el cual se encuentra en completo estado de decadencia. Parece que se está celebrando algo en él, pero no hay gente por las calles, solo farolillos encendidos que indican vida. Lo que sí es abundante es la vegetación afectada por La Flor, que en comparación con el nivel anterior, comienza a llegar a unos niveles preocupantes. Pero esto tiene su parte buena: significa que se está acercando.
Por el camino, encuentra restos de estatuas que narran la relación entre las múrgalas y los habitantes del lugar. Antes parecían estar en armonía: las múrgalas se alimentaban de los frutos y daban a los habitantes sus semillas. Pero las múrgalas dejaron de ser bien recibidas cuando los frutos, amargos por la vejez de La Flor, comenzaron a enfermarlas.
Avanzando, descubre que no podrá continuar si no reúne los cachos de la estatua del templo dentro del árbol, las cuales activan un mecanismo que permitía ascender a aquellos que no tuviesen alas. Una vez reúne los cachos, Nelumbo asciende subido en los faroles. Pero podemos ver una vez más, que a La Flor se le han vuelto a caer más pétalos aún.
Nelumbo llega a la copa del árbol, el cual está claramente dañada por la vejez de La Flor. El ambiente es tenso y, al poco de entrar, se vuelve a encontrar con la múrgala, Emiri, quien en un ataque de rabia, comienza a perseguirlo.
Esta lo persigue por todo el nivel, y en medio de esta persecución, La Flor fallece, dando lugar a cambios más graves en la estructura del árbol justo cerca de la meta de Nelumbo. Pero gracias a todas las habilidades que ha dominado en este viaje, consigue alcanzar el centro de la copa del árbol.
Ahí sustituye a La mustia Flor actual por la que lleva sobre su cabeza. El árbol por fin recobra su buen estado y la múrgala, su salud. Ahora Nelumbo ha madurado, y está más cerca de cumplir su papel como La Flor.