Oui le propriétaire encaisse toujours le dépôt de garantie. Il rembourse le locataire à la fin du bail si l'appartement est rendu dans le même état qu'à l'entrée.

C'est une question de durée de validité des chèques : "La durée de validité d'un chèque est de 1 an et 8 jours. Au delà de ce délai, son bénéficiaire ne peut plus l'encaisser sur son compte bancaire."

Source : https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F2402