I cifrari a sostituzione polialfabetica sono una categoria di cifrari in cui le lettere del testo in chiaro possono essere sostituite da più di una lettera cifrata, a seconda del contesto o della posizione della lettera.
Il cifrario di Vigenère è uno dei cifrari a sostituzione polialfabetica più noti e viene spesso utilizzato per illustrare questo concetto.
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Regole Vigeneré
$(Plaintext + Key) \mod 26 = Ciphertext$ (encryption)
$(Ciphertext - Key) \mod 26 = Plaintext$ (decryption)
(P + K) mod 26 = C
(C - K) mod 26 = P
(C - P) mod 26 = K
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Nel cifrario di Vigenère, viene utilizzata una chiave, spesso una parola o una frase, per determinare quale alfabeto cifrato utilizzare per ogni carattere del testo in chiaro. La chiave viene ripetuta ciclicamente per adattarsi alla lunghezza del testo in chiaro.

Ad esempio, con la chiave KEY e il testo in chiaro HELLO:
Testo in chiaro: **H** E L L O
Chiave: **K** E Y K E
Alfabeto di Vigenère:
A B C D E F G H I J **K** L M N O P Q R S T U V W X Y Z
B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z A
C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z A B
...
**H** I J K L M N O P Q **R** S T U V W X Y Z A B C D E F G
Testo cifrato: **R** I X ? U
Nel primo carattere, H è cifrato usando il primo alfabeto cifrato determinato dalla lettera K della chiave. Il secondo carattere E è cifrato usando il secondo alfabeto cifrato determinato dalla lettera E della chiave, e così via. Si noti come la lettera L, che si ripete due volte di fila, ottenga due cifrature diverse, ossia X e ? , andando a rendere il testo cifrato molto più robusto nei confronti dagli attacchi statistici.
Nel contesto della crittografia moderna, si preferiscono approcci più avanzati come gli algoritmi a chiave simmetrica o asimmetrica, che offrono una sicurezza significativamente maggiore.