你，主人公，是个作家，喜欢写恐怖小说。每年都会来一个没啥人气温泉旅馆找灵感。其实说是来找灵感，实则是来看“万华镜”。
在你的房间，有一位自称莲华的少女，手持万华镜，她告诉你可以通过它看到另一个世界，体验别人的人生。
「要看一下这个吗？要看一下你所窥视不到的世界吗？ 那么，就去看这个万华镜吧……那里是一个妖艳的美丽世界。在您的眼中所看到的，是由美少女们所编织而成的，稍纵即逝的一瞬间的快乐之光。 您，有窥视这个世界的勇气吗？」
第一话 美少女万华镜 - 被诅咒的传说少女（美少女万華鏡 - 呪われし伝说の少女）
女学员教师斧神滋比古，是一个对美少女有着变态嗜好的爱好者。
为了不让别人看穿自己的本质，他披着认真教师的外皮过着日常。
如果一直坚持着不对学生犯下什么错误的话或许他会就这样一直维持着自己的天职的教师职位。
但是，和神秘的美少女——篝之雾枝的相遇，让他滑进了堕落的深渊。
第二话 美少女万华镜 - 勿忘草与永远的少女（美少女万華鏡 - 忘れな草と永远の少女）
神崎彰人曾经是个开朗活跃的少年，不过成长至今，却因为患有心脏病，不但和以前的朋友们日渐疏远，还要经常休学。
不过，让彰人心中留下阴影的最大原因是他的青梅竹马兼初恋对象沢渡雫音讯全无。
彰人也曾觉得自己是被她背叛了。
在每天过着郁闷日子的彰人面前，雫再次出现的时候……
事情，却往他意想不到的方向发展开来……
外传 美少女万华镜 - 献给曾经是少女的你（美少女万華鏡 - かつて少女だった君へ）
在山间孤零零地建有一座乡村风格十足的温泉旅馆。